Layanan pengelolaan limbah di RS Siti Khodijah Pekalongan merupakan salah satu layanan penunjang yang disediakan pihak rumah sakit guna mencegah terjadinya penyakit infeksi, baik pada pasien/ pengunjung, staf rumah sakit, maupun pihak-pihak lain yang terlibat di lingkungan rumah sakit.